یکی از مسائل رایج در مورد گله های حیاط خلوت مربوط به برنامه های تغذیه ضعیف یا ناکافی است که می تواند منجر به کمبود ویتامین و مواد معدنی برای پرندگان شود. ویتامین‌ها و مواد معدنی از اجزای بسیار مهم جیره جوجه‌ها هستند و اگر جیره‌ای فرموله‌شده خوراکی نباشد، احتمال کمبود آن وجود دارد.

طیور به همه ویتامین های شناخته شده به جز C نیاز دارد. برخی از ویتامین ها در چربی ها محلول هستند، در حالی که برخی دیگر در آب محلول هستند. برخی از علائم کمبود ویتامین به شرح زیر است:
ویتامین های محلول در چربی
ویتامین A کاهش تولید تخم مرغ، ضعف و عدم رشد
ویتامین D تخم مرغ های با پوسته نازک، کاهش تولید تخم مرغ، تاخیر در رشد، راشیتیسم
ویتامین E بزرگ شدن قلاب، آنسفالومالاسی (بیماری جوجه دیوانه)
ویتامین K لخته شدن خون طولانی مدت، خونریزی عضلانی
 
ویتامین های محلول در آب
تیامین (B1) از دست دادن اشتها و مرگ
ریبوفلاوین (B2) فلج انگشت پا، رشد ضعیف و تولید تخم مرغ ضعیف
درماتیت اسید پانتوتنیک و ضایعات در دهان و پا
نیاسین پاهای خمیده، التهاب زبان و حفره دهان
کولین رشد ضعیف، کبد چرب، کاهش تولید تخم مرغ
ویتامین B12 کم خونی، رشد ضعیف، مرگ و میر جنینی
اسید فولیک رشد ضعیف، کم خونی، پر کردن ضعیف و تولید تخم
درماتیت بیوتین در پاها و اطراف چشم و منقار
مواد معدنی نیز برای سلامت و تندرستی طیور مهم هستند. در زیر برخی از مواد معدنی مهم و علائم کمبود مواد معدنی ذکر شده است:
مواد معدنی
کلسیم کیفیت پوسته تخم مرغ ضعیف و قابلیت جوجه ریزی ضعیف، راشیتیسم
راشیتیسم فسفر، کیفیت پوسته تخم مرغ ضعیف و قابلیت جوجه ریزی
منیزیم مرگ ناگهانی
منگنز پروسیس، جوجه ریزی ضعیف
کم خونی آهن
کم خونی مس
گواتر ید
روی پرهای ضعیف، استخوان های کوتاه
کبالت رشد آهسته، مرگ و میر، کاهش قابلیت جوجه ریزی
همانطور که در بالا اشاره شد، کمبود ویتامین و مواد معدنی می تواند مشکلات سلامتی متعددی را برای جوجه ها ایجاد کند که در برخی موارد باعث مرگ می شود. بنابراین، برای جلوگیری از کمبودهای تغذیه‌ای یا زمانی که علائم کمبود مشاهده می‌شود، باید تغذیه طیور با رژیم غذایی متعادل با ویتامین‌ها و مواد معدنی مورد نیاز انجام شود.